O município de São José da Laje está inserido na bacia hidrográfica do Rio Munda ú. É banhado pela sub-bacia do Rio Inhaúma, e seus principais afluentes são: na porção central, os Rios Canhoto e da Jibóia, e os Riachos Guriba e Sujo. Na porção NNE, os Riachos Canguru, Capiana, Gruta Velha e Jibóia. Na porção SSW, os Rios Caruru e Canhoto, e os Riachos Seco, Pindoba e Lava Pés. O padr ão de drenagem é do tipo dendrítico. Todo esse sistema fluvial deságua no Rio Mundaú.

A área do município em estudo est á inserida no Domínio Hidrogeológico Fissural: Subdomínio Rochas Metamórficas: caracterizado por rochas do embasamento cristalino regionalmente e apresentadas por granulitos do Grupo Girau do Ponciano e pelos complexos gnaíssico-migmatítico e migmatítico granítico (Arqueano), rochas vulcano-sedimentares, compostas por quartzitos, micaxistos, gnaissese metavulc ânicas diversas do Grupo Macururé e ortognaisses (Proterozóico).