A colonização européia inicia-se em 1596 com a fundação da aldeia de Santo Antônio. Em 11 de dezembro de 1679 é criada a freguesia de Nossa Senhora da Piedade do Lagarto e em 1698 esta é elevada a concelho com sede na vila de Lagarto. Em 1880 torna-se cidade. Na década de 60 do século XX foi feita uma das primeiras experiências, com relativo sucesso, de reforma agrária no Brasil, tendo como base o povoado da colônia 13 no município de Lagarto/SE.
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